隆庆三年，秋，镇海侯、海军都督府左都督李哲丁忧了。
此事发生之前，士林颇忧国家将因此而动荡，但他们的种种猜测却全部落空，李彦直很干脆地上表奏请丁忧，就算是最守旧的士大夫，在那一刻也变得没什么话说了。士大夫中欣赏李彦直者因此而更加欣赏他，就是原本不满他的，也有因这件事而改变其看法者。
当然，在李彦直丁忧的同时，有几桩人事变动在悄悄进行着，如戚继光的北调、俞大猷的南调，与他们的调动一起发生的，是大明帝国的兵力分配发生了转移，戚继光俞大猷不是单独前往西北和西南，和他们一起去的是一整个的新式军队系统。
市舶司总署也开始纳入正式的官员系统，陈羽霆一转身就从李彦直的幕僚变为国家正三品大臣，让上海和北京的权力进一步融合起来。同时北京方面也委派了一个文臣作为权左都督，监临海军都督府。
若是派了别的文臣来，哪怕是兵部尚书张经，只怕海军都督府诸将也未必肯服，但李彦直在离开之前曾反复嘱咐诸将，才使他们对高拱这个即将来临的上官算是默认其领导权，毕竟高拱也算是李系集团里在士林资历最深的官员，由他来接掌海军都督府算是一个折中的选择。
高拱接任海军都督府之外还有一个重要的任务，那就是统合南京的官...
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